Tuhansien vuosien päässä, sodan runtelemassa tulevaisuudessa ihmiskunta on kehittynyt niin pitkälle, että sen merkittävät ase- ja teknologiaresurssit rikkovat inhimilliset rajat. Jatko-osassa pelaajien on pyrittämä saamaan haltuunsa alkuperäinen Zohar, jotta sen salaisuudet voidaan paljastaa ja alienrotu Gnosiksen muodostama uhka pystytään torjumaan. Joidenkin mukaan Zohar on rajattoman voiman avain, ja toiset taas uskovat, että Zohar voi paljastaa menneisyyden salat ja pelastaa maailman Gnosikselta. Xenosaga Episode II tarjoaa mahdollisuuden pelihahmojen aiempaa mittavampaan muokkaukseen, sillä käytössä on yli sata erilaista taitoa. Lisäksi pelin taistelujärjestelmä hyödyntää yhdistelmähyökkäyksiä, parannettua lisävoimajärjestelmää ja kaksoistiimihyökkäyksiä. Lisäksi järjestelmässä on vyöhykehyökkäys- ja murtumistilasysteemi. Tarjolla on lukuisia erilaisia yhteenottoja ja taisteluita, joista on haastetta taitavimmillekin pelaajille.