Shadowgate 64:ssä kuvataan pelihahmon näkökulmasta aivan kuin ensimmäisessä pelissä, mutta tällä kertaa 3D-grafiikkaa käytetään ja pelaaja saa vaeltaa vapaasti kuin ensimmäisen persoonan ammuntapeleissä. Grafiikan muutoksesta huolimatta pelin ydin on vastaavanlainen: peli riippuu enimmäkseen pulmien ja arvoituksien ratkonnasta taistelujen sijaan. Vankilanjohtaja ja kääpiövartijat ovat pelin ainoat viholliset ja heitä täytyy välttää. Pelin päähenkilö voi kuolla monella tavoin kuten putoaminen tai hukkuminen. Pelaajan tulee välttää kaiken ympäristön kanssa vuorovaikutuksen avulla.