Heat Guy J kertoo Daisuke Aurora -nimisen nuoren erikoisjoukkojen upseerin ja hänen Android-kumppaninsa, joka tunnetaan yksinkertaisesti nimellä 'J', seikkailuista. Pari elää ja työskentelee kuvitteellisessa, futuristisessa 'Judoh' (Jewde) -metropolissa, jossa kaupunkiturvallisuusviraston alirahoitettujen erikoisjoukkojen pääkonttori sijaitsee.