God Eater 3:ssa monta vuotta on kulunut viime taistelusta. Maa ei ole enää entisensä. Hirvittävät pedot nimeltään aragamit kylvävät yhä tuhoa ja kurjuutta ympäri maapalloa. Uusien sankarien on aika nousta ja pelastaa maailma sekä palauttaa tasapaino maan päälle. God Eaterit ovat ihmisiä, joille on suotu uudet versiot God Arc -aseista, jotka ovat erityisiä implantteja, jotka saavat voimansa Aragamien soluista. God Eaterin voimat ovat kuitenkin myös kirous… Lyöttäydy yhteen muiden God Eatereiden kanssa ja iske maahan jättimäisiä Aragameja, jotka uhkaavat Maata. Tämä ei kuitenkaan ole ainoa tehtäväsi: jotain on tapahtumassa God Eatereille, eikä raja valon ja pimeän välillä ole koskaan ollut näin hämärä… On aika murtautua kahleista, jotka pitävät hallussaan God Eatereiden sielua samalla, kun taistelu Maan vapaudesta käy kuumana.