Peleissä on sama tarina eri näkökulmista. Sunburstissa olet Light Fang -organisaation jäsen, kun taas Moonlightissa olet Night Claw -organisaation jäsen, joka vastustaa Light Fangia. Katastrofi iskee maailmaa, ja sinun on (riippumatta siitä, mihin organisaatioon kuulut) ratkaista mysteeri ja niin edelleen. Luonnollisesti saat jokaisesta pelistä eri Digimonin, ja tapa saada ne kaikki on omistaa molemmat pelit. Alkuperäisen Digimon Storyn WiFi-ominaisuuksien lisäksi voit nyt taistella kilpailijoita Tamersia vastaan.