Banjo-Kazooie sisältää 9 teemoiltaan erilaista tasoa. Esimerkiksi Clanker's Cavern on likainen putkiviemäri, Gobi's Valley on suunniteltu muinaisen Egyptin mukaan ja Mad Monster Mansion on kauhuteemainen aavetaloineen ja hautausmaineen. Peli alkaa siitä, kun ilkeä noita Gruntilda kuvittelee olevansa kaunein nainen Spiral Mountainilla. Hän kysyy tietoa puhuvalta kattilaltaan, Dingpotilta, joka vastaa aina noidan pyyntöihin ja kysymyksiin. Dingpot kertoo, että ainoastaan Banjon pikkusisko Tooty on kauniimpi kuin hän itse. Gruntilda suuttuu tiedosta ja lähtee etsimään pientä tyttöä, jonka nappaisi mukaansa.